理事会是研究院的决策机构。理事会每届任期五年，理事会任期届满可连选连任。理事会由南京工业大学4人、连云港4人、相关企业1人，共9人组成，理事长由连云港方面出任，副理事长由南京工业大学方面出任。
        理事会主要行驶下列职责：
        1）决定研究院建设方案、发展方向和战略；
        2）审定、修改研究院章程；
        3）审议、批准研究院年度报告、年度财务预决算和年度工作计划；
        4）聘免研究院院长、技术委员会委员；
        5）审核批准研究院事业编制的使用；
        6）审议、批准研究院对外投资事项；
        7）决定有关院长等高层科研和管理人员的报酬事项；
        8）审议其它与研究院发展有关的重大事项。
        技术委员会是研究院的咨询机构。技术委员会每届任期三年，成员由双方提名，人员为不超过11人的单数，由理事会聘免。技术委员会设主任、副主任各一名，由委员选举产生，由理事会聘免。
        技术委员会的主要职责：
        1）论证研究院的大型设备投资方案；
        2）论证研究院的科研领域和课题方向，为理事会决议提供参考；
        3）综合评价研究院的研究工作和研究项目的进展。
        研究院实行理事会领导下的院长负责制，院长为法定代表人，可以由理事兼任。经连云港市事业单位登记管理局核准登记后，取得本单位法定代表人资格。院长每届任期三年，由南京工业大学提名，理事会聘免。
        院长的主要职责：
        1）提交研究院的发展规划、年度工作计划、年终总结报告和年度财务预决算；
        2）聘免副院长及其他科研和管理人员；
        3）推荐拟引进的高级研究人员；
        4）制定研究院日常管理规范，全面负责研究院各项工作；
        5）采取有效措施，推荐技术、信息、成果等资源的集成；
        6）完成理事会交办的其他工作。